Während der Nazi-Diktatur wurden im Rahmen der Aktion T4 mindestens 2025 Menschen mit psychischen oder körperlichen Behinderungen in die Tötungsanstalten Grafeneck und Hartheim bei Linz deportiert und dort ermordet. Einige Quellen berichten von über 2400 Personen, die von oder über Eglfing-Haar in diese Tötungszentren deportiert wurden. Nach Aktion T4 folgten weitere Tötungsaktionen, darunter die "Aktion Brandt", zu Schaffung von Lazarettkapazitäten. In sogenannten „Hungerhäusern“ wurden Patient:innen, Erwachsene und Kinder, zu Tode gehungert, legalisiert durch den sog. "Hungerkost-Erlass" von November 1942. Zwischen Ende 1942 und Mitte 1945 starben vermutlich 444 Patienten an den Folgen von Mangelernährung. Zudem wurden 332 Kinder durch eine Überdosis des Schlafmittels Luminal getötet. Zur gleichen Zeit behandelte Anton von Braunmühl in der Klinik viele Patienten mit den damals neuen Schocktherapien.
Der ärztliche Direktor der Nervenheilanstalt Eglfing-Haar, Hermann Pfannmüller, fungierte als Gutachter für diese Vernichtungsaktionen. In der Prosektur des Münchener KWI für Psychiatrie in Eglfing-Haar, unter der Leitung von Hans Schleussing, wurden Organe von Kindern untersucht, die bei Impfexperimenten in Irsee qualvoll starben. In Haar wurden nicht nur Entscheidungen über Tötungen getroffen, sondern auch direkt Tötungen durchgeführt.
Für die in der Anstalt Eglfing-Haar begangenen Morde wurden drei Pflegekräfte zu jeweils 2 Jahren und 6 Monaten Gefängnis verurteilt, und der Anstaltsleiter Pfannmüller erhielt 1949 eine Gefängnisstrafe von 6 Jahren, wobei die Internierungs- und Untersuchungshaft angerechnet wurde. Heute einnern Tafeln auf dem Gelände des Isar-Amper-Klinikum München-Ost, einem psychiatrisches und neurologisches Krankenhaus in Haar (bei München) und eine Ausstellung über die Nazi Verbrechen vor Ort
In der Heil- und Pflegeanstalt Eglfing-Haar wurden unter der Leitung von Dr. Hermann Pfannmüller während der Nazi Diktatur ca. 4000 Menschen durch „Euthanasie“ ermordet, in Tötungsanstalten Grafeneck oder Hartheim bei Linz deportiert und zwangssterilisiert