Med Nazi-diktaturo so v okviru akcije T4 najmanj 2025 oseb z psihičnimi ali telesnimi ovirami deportiranih v zavetišča zločinov Grafeneck in Hartheim pri Linzu in tam ugrabljeno. Nekatere viri poročajo o več kot 2400 oseb, ki so bile iz Eglfing-Haara ali prek Eglfing-Haara deportirane v te zavetišča. Po akciji T4 so nasledile še druge zločinske akcije, med njimi »Akcija Brandt« za ustvarjanje kapacitet za lazareti. V takozvanih »Hungerhauzen« so bili pacienti, odrasli in otroci zlorabljeno izpostavljeni hranilni pomanjkljivosti, pravilno legalizirano s sog. »Hungerkost-Erlass« iz novembra 1942. Med koncem leta 1942 in sredino leta 1945 je verjetno umrlo 444 pacientov zaradi posledic hranilne pomanjkljivosti. Poleg tega so 332 otrok smrtno zlorabilo prekomerna doza snažilnega sredstva Luminal. V tem času je Anton von Braunmühl v kliniki zdravljenje več pacientov z novimi šok terapijami.
V zdravstveni in zaštitni ustanovi Eglfing-Haar so pod vodstvom dr. Hermanna Pfannmüllera med nacistično diktaturo okoli 4000 ljudi zato ugotovljeno z »eutanazijo« zavračani, deportirani v zavarni ustanovi Grafeneck ali Hartheim pri Linzu in prisilno sterilizirani
