Tijdens de Nazi-dictatuur werden minstens 2025 mensen met psychische of lichamelijke beperkingen gedurende de Aktion T4 naar de vermoordingsgezondheidsinstellingen Grafeneck en Hartheim bij Linz deporteerd en daar vermoord. Sommige bronnen rapporteren over 2400 personen die van of via Eglfing-Haar naar deze vermoordingscentra werden deporteerd. Na Aktion T4 volgden er meer vermoordingsacties, waaronder de "Aktion Brandt", voor de schaffing van ziekenhuiscapaciteiten. In zogenaamde „Hungerhäusern“ werden patiënten, volwassenen en kinderen tot de dood honger gedood, legaal gemaakt door de zogenaamde "Hungerkost-Erlass" van november 1942. Tussen het einde van 1942 en het midden van 1945 stierven waarschijnlijk 444 patiënten aan de gevolgen van onvoldoende voeding. Daarnaast werden 332 kinderen door een overdosis van het slaapmiddel Luminal vermoord. In hetzelfde tijdsbestek behandelde Anton von Braunmühl in de kliniek veel patiënten met de toen nieuwe schoktherapien.
In de Heil- en Zorginstelling Eglfing-Haar werden onder leiding van Dr. Hermann Pfannmüller tijdens de Nazi-dictatuur ongeveer 4000 mensen via de „Euthanasie“ vermoord, naar de dodeninstellingen Grafeneck of Hartheim bij Linz deporteerd en ontvoogd
