Durante la dictadura nazi, al menos 2025 personas con discapacidades físicas o psíquicas fueron deportadas a las instituciones de asesinato de Grafeneck y Hartheim, cerca de Linz, y allí asesinadas en el marco de la Aktion T4. Algunas fuentes informan que más de 2400 personas, de o desde Eglfing-Haar, fueron deportadas a estos centros de exterminio. Tras la Aktion T4 siguieron otras acciones de asesinato, entre ellas la "Aktion Brandt", con el fin de crear capacidad de camas en hospitales. En los llamados «hogares de hambre» se dejó morir de hambre a pacientes, adultos y niños, legalizado por el llamado "decreto sobre la alimentación de hambre" de noviembre de 1942. Entre finales de 1942 y mediados de 1945 probablemente murieron 444 pacientes a causa de la desnutrición. Además, 332 niños fueron asesinados con una sobredosis del medicamento para dormir Luminal. En el mismo periodo, Anton von Braunmühl trató a muchos pacientes en el sanatorio con las nuevas terapias de choque de aquella época.
El director médico de la institución de curación para enfermos nerviosos Eglfing-Haar, Hermann Pfannmüller, actuó como perito en estas acciones de exterminio. En la sección de autopsias del KWI de Múnich para la psiquiatría en Eglfing-Haar, bajo la dirección de Hans Schleussing, se examinaron órganos de niños que murieron con gran sufrimiento durante experimentos de vacunación en Irsee. En Haar no solo se tomaron decisiones sobre asesinatos, sino que también se llevaron a cabo asesinatos directamente.
Por los asesinatos cometidos en la institución Eglfing-Haar, tres cuidadores fueron condenados a dos años y seis meses de prisión cada uno, y el director de la institución Pfannmüller recibió en 1949 una pena de seis años de prisión, teniendo en cuenta la detención y la prisión preventiva. Hoy en día, placas conmemorativas en el terreno del Isar-Amper-Klinikum München-Ost, un hospital psiquiátrico y neurológico en Haar (cerca de Múnich), y una exposición sobre los crímenes nazi en el lugar, recuerdan estos hechos.
En la institución de salud y cuidado de Eglfing-Haar se mató a aproximadamente 4000 personas mediante "eutanasia", se deportó a las instituciones de asesinato de Grafeneck o Hartheim cerca de Linz y se les realizó esterilización forzosa bajo la dirección del doctor Hermann Pfannmüller durante la dictadura nazi.
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