Durante la dictadura nazi, en el marco de la Acción T4, al menos 2025 personas con discapacidades psíquicas o físicas fueron deportadas a las instalaciones de exterminio de Grafeneck y Hartheim cerca de Linz y allí asesinadas. Algunas fuentes informan de más de 2400 personas que fueron deportadas desde o a través de Eglfing-Haar a estos centros de exterminio. Tras la Acción T4 siguieron otras acciones de asesinato, entre ellas la "Acción Brandt", para crear capacidad de lazarets. En los llamados «hogares de hambre» se dejaron morir pacientes, adultos y niños, hambreados, legalizados mediante el llamado "decreto de alimentación de hambre" de noviembre de 1942. Entre finales de 1942 y mediados de 1945 probablemente murieron 444 pacientes a causa de las consecuencias de la desnutrición. Además, 332 niños fueron asesinados mediante una sobredosis del sedante Luminal. En el mismo periodo, Anton von Braunmühl en la clínica trató a muchos pacientes con las entonces nuevas terapias de choque.
En la institución de salud y cuidado Eglfing-Haar se llevaron a cabo bajo la dirección de Dr. Hermann Pfannmüller durante la dictadura nazi aproximadamente 4000 personas que fueron asesinadas mediante «euthanasia», deportadas a las instalaciones de exterminio Grafeneck o Hartheim cerca de Linz y sometidas a esterilización forzada.
