Durante la dittatura nazista, almeno 2025 persone con disabilità psichiche o fisiche furono deportate nelle istituzioni di uccisione Grafeneck e Hartheim vicino a Linz e uccise lì. Alcune fonti riportano oltre 2400 persone che furono deportate in questi centri di uccisione da o attraverso Eglfing-Haar. Dopo l'azione T4 seguirono ulteriori azioni di uccisione, tra cui la "Azione Brandt", per la creazione di capacità di ospedali di degenza. Nei cosiddetti «casa della fame» furono uccisi pazienti, adulti e bambini, a causa di fame, legalizzati dal cosiddetto "decreto della fame" del novembre 1942. Tra la fine del 1942 e la metà del 1945 si contarono probabilmente 444 pazienti morti per conseguenze di malnutrizione. Inoltre, 332 bambini furono uccisi mediante un sovradosaggio del sedativo Luminal. Nello stesso periodo, Anton von Braunmühl, nel reparto della clinica, trattò molti pazienti con le nuove allora terapie dello shock.
Nell'istituto di salute e assistenza Eglfing-Haar furono uccisi circa 4000 persone sotto la guida del dott. Hermann Pfannmüller durante la dittatura nazista attraverso la «Euthanasie», deportate nelle istituzioni di uccisione Grafeneck o Hartheim vicino a Linz e sottoposte a sterilizzazione coatta.
